Die Wurzeln des Städtischen Museums Neunkirchen reichen in das Jahr 1910 zurück, als der Lehrer Heinrich Mose im Rahmen einer Gewerbemesse in Neunkirchen eine Ausstellung abhielt. Seine damalige Sammlung umfasste um die 200 Objekte, die vor allem aus den Bereichen Volkskunde und Zunftwesen stammten. Da sich die Schau einer großen Beliebtheit erfreute, wurde am 25.9. 1911 auf Bestreben des Bürgermeister Dr. Emil Stockhammer der Beschluss zur Gründung eines "Local" - Museums gefasst, das 1913 im Posttrakt des Rathauses eröffnet wurde.
Während des Ersten Weltkriegs musste das Museum 1917 einer Lebensmittelvergabestelle weichen und Teile der Sammlung wurden auf einem privaten Dachboden untergebracht, was zu Sachschäden und dem Verlust einiger Objekte führte.
Erst nachdem der akademische Maler Fritz Weninger 1926 mit der Neuaufstellung des Museums begonnen hatte, konnte es schließlich am 29.4.1931 als “Städtisches Museum Neunkirchen” im Rathaus wiedereröffnet werden und gedieh in den kommenden Jahren prächtig. Von 1931 bis 1960 wurde das Museum stets von mindestens zwei Kustoden gleichzeitig betreut, ein Arbeitsmodell, das 2010 wiederbelebt wurde. Aufgrund von Platznot übersiedelte die Sammlung 1940 in das von der Stadtgemeinde angekaufte ehemalige Wohnhaus von Dr. Stockhammer. Den Zweiten Weltkrieg überstand das Museum weitgehend unbeschadet.
Bis 1958 wurden Teile des Hauses noch als Wohnhaus genutzt, dann wurde jedoch für den Kustos ein eigenes Wohngebäude im Garten errichtet. So konnten sämtliche Räume des Hauses für das Museum adaptiert und nach damaligen modernsten musealen Kriterien neu gestaltet werden. Schließlich wurde das Museum nach längeren Umbauarbeiten 1961 als “Heimatmuseum Neunkirchen” neu eröffnet.
Seit den 1980er-Jahren war eine schrittweise Renovierung und Instandhaltung des Museums nötig geworden, die bis heute andauert. Neben Fassadenrenovierung und Trockenlegungsarbeiten wurden, vor allem in den letzten Jahren, Sicherheitseinrichtungen und eine Heizung installiert, was nun einen ganzjährigen Betrieb ermöglicht. Im Zuge dieser Arbeiten wurde das ehemalige Wohnhaus des Kustos als Bürogebäude adaptiert und auch der große Museumsgarten findet Verwendung als Schauplatz des jährlichen Römerfests sowie weiterer experimentalarchäologischer Versuche.
Seit 2005 findet eine schrittweise Erneuerung und Modernisierung des Museums, seiner Sammlungen und der Ausstellung statt. Mit Beginn der Umstellungsarbeiten an der Dauerausstellung wurde dem Museum am 1. April 2011 sein alter Name “Städtisches Museum” zurückgegeben. Die Umbauarbeiten im Haupthaus ("Stockhammerhaus") wurden am 1. April 2015 abgeschlossen. So präsentiert sich das Museum heute abermals als eine moderne und interessante Einrichtung.