Die Sammlungen des Museums umfassen die Bereiche Naturkunde (Geologie, Paläontologie, Zoologie), Archäologie, Stadt - und Bezirksgeschichte, Numismatik und Volkskultur.
In den 15 Ausstellungsräumen wird nur ein geringer Teil der über 12.000 Objekte gezeigt. Duplikate oder Objekte, die aus Platzmangel nicht ausgestellt werden können, befinden sich in den umfangreichen Depots.
Naturkundliche Sammlung
Bereits seit den 1920ern wurden für das Museum Gesteine und Versteinerungen aus dem gesamten Bezirksgebiet gesammelt. Durch die Schenkung der Sammlung Matzke 1982 ist das Museum heute im Besitz einer der umfassendsten geologisch - paläontologischen Sammlungen zum gesamten Bezirksgebiet. Raritäten wie der einzigartige Forellenstein (Ortho-Riebeckit-Gneis) von Gloggnitz, versteinerte Hölzer, Höhlenbär- und Mammutfunde sowie die rund 16 Millionen Jahre alten Rippen einer Seekuh gehören hierzu. Sogar die Abgüsse des einzigen österreichischen Dinosaurierfunds von Muthmannsdorf an der Hohen Wand befinden sich unter den Exponaten. Zudem ist das Museum im Besitz einer Sammlung von etwa 500 Präparaten (Stopf-, Alkohol- und Knochenpräparate) heimischer Tiere - vom Rosenkäfer bis zum Rothirsch.
Archäologie
Der Bereich Archäologie umfasst Objekte aus über 5000 Jahren Geschichte. Dazu zählen die Funde von zahlreichen archäologischen Grabungen in Stadt und Bezirk, wie der älteste menschliche Fund Neunkirchens (5300 Jahre alte Hockerbestattung der Kupfersteinzeit), bronzezeitliche Waffen, keltischer Schmuck und Schwerter, die Funde aus einem römischen Streifenhaus (darunter Teile der Rüstung eines Legionärs) und auch Funde aus Früh -und Hochmittelalter. Auch die experimentalarchäologischen Rekonstruktionen im Museumsgarten gehören zu dieser Sammlung.
Numismatische Sammlung
Neunkirchen ist eine der ersten mittelalterlichen Münzstätten in Österreich, der Neunkirchner Pfennig unter Numismatikern eine bekannte Größe. Neben Originalen und Abgüssen von Neunkirchner Pfennigen aus dem 12. Jahrhundert setzt sich die numismatische Sammlung, die über die gesamte Dauerausstellung verteilt ist, einerseits aus im Bezirksgebiet gefundenen, andererseits aus hier im Umlauf gewesenen Münzen und Scheinen zusammen - von keltischen Münzen und römischen Denaren bis zum Schilling der 2. Republik.
Lokale und regionale Geschichte
Die Sammlung Stadt- und Bezirksgeschichte versucht die Entwicklung der Stadt Neunkirchen von ihren Ursprüngen im Hochmittelalter bis heute zu dokumentieren. Die Objekte dieser vielfältigen Sammlung dokumentieren neben der allgemeinen Geschichte des Bezirks vom Hochmittelalter bis heute auch im Speziellen die Wirtschaftsgeschichte (von den Zünften zur Industrie), Vereinsgeschichte und Persönlichkeiten, wie den ehemaligen Hausherrn des Museums, Bürgermeister Dr. Emil Stockhammer.
Die Sammlung versucht, vor allem im Rahmen von Sonderausstellungen, jenen Ortschaften des Bezirks Neunkirchen auszuhelfen, in welchen es kein Museum oder Archiv zur Ortsgeschichte gibt.
Volkskundliche Sammlung
Eine große volkskundliche Sammlung dokumentiert Leben, Arbeit und Brauchtum der bäuerlichen Bevölkerung in den letzten dreihundert Jahren sowie das religiöse Leben und das Miteinander der verschiedenen Religionen im Neunkirchen der letzten 500 Jahre. Manche Objekte aus dem "Raum der Religionen" wie die „Heilige Kümmernis“ aus Schwarzau/Steinfeld oder die Edlitzer „Totentanz“-Schilder sind in ihrer Art einzigartig und gehören zu den Schätzen des Museums.
Depots und Sammlungspolitik
Alle Sammlungen versuchen Stadt oder Bezirk Neunkirchen mit repräsentativen Stücken zu dokumentieren. Diese schwierige Aufgabe erfolgt in Zusammenarbeit mit dem Stadtarchiv, den Behörden der Stadtgemeinde und vor allem allen Bürgerinnen und Bürger, die dem Museum durch Informationen, Verkauf, Leihgaben und Schenkungen bei dem Ausbau und der Verbesserung des Museums und seiner Sammlungen helfen. Durch die Neugestaltung der Depoträume in den letzten Jahren wurde nun auch eine angemessene Aufbewahrung der zahlreichen Objekte möglich, die leider nicht in der Dauerausstellung gezeigt werden können.